水族館なので生体展示がメインであるが、標本展示についても目をみはるコーナーが2箇所ある。
1つは「サメ博士の部屋」。沖縄美ら海水族館の運営母体である美ら島財団内の総合研究所によるサメ研究の最新の成果が惜しみなく還元されている。
もう1つは、美ら海水族館の出口を出てすぐ、ショップなどが入る美ら海プラザ内の標本展示コーナー。海洋生物の液浸標本や骨格標本の充実ぶりは、それだけで小規模な博物館を凌駕する。非常に質の良いメガマウスザメの全身液浸標本が見どころ。