エリアごとにテーマが分けられており、自然分野は「自然ゾーン」において展示・解説されている。
「自然ゾーン」では、地元・浜松の生物を中心とした標本展示や、岩石や生物の顕微鏡観察コーナーなどがある。
また、浜松の地形に関する展示では、プロジェクションマッピングを用いたジオラマによる解説で、10万年前から現在までの浜松の地形の変遷を見ることができる。