水族館なので生体展示がメインであるが、クジラの進化を展示・解説したコーナーは自然史博物館を凌駕する充実ぶり。
まだ四本脚だったころのクジラの祖先から現在のクジラ類に至るまでの進化の過程を、化石標本や骨格標本などを用いて展示している。
壁面を覆う巨大な解説パネルもド迫力で、クジラ類の進化の過程をたどる展示・解説としては国内随一の充実ぶり。